El nombre de la iglesia, según la tradición, se debe a que San Miguel se apareció a las tropas navarras que ayudaban a Alfonso I El Batallador en el asedio a Zaragoza. Fue a principios del siglo XII, pero tuvo que pasar un siglo hasta que se creara la parroquia.
La existencia de la iglesia de San Miguel de los Navarros está documentada desde 1260, lo que hace suponer que existió una construcción Románica que debió ser ampliada como consecuencia del crecimiento de la población, al igual que el resto de iglesias románicas de la ciudad.
La fábrica Mudéjar data del siglo XIV. Su estructura original constaba de una nave, cabecera poligonal, capillas laterales entre los contrafuertes y una torre de planta cuadrada en el lado Norte.
La torre fue construida por Esteban y Pascual Ferriz y ya aparece documentada en el año 1396.
En el siglo XVII se procedió a una reforma Barroca que añadió una nave lateral en el lado Sur y un coro a los pies. También las bóvedas de crucería se vieron afectadas y sustituyeron por otras de cañón con lunetos. La notable decoración Mudéjar del exterior se respetó aunque fue añadida una portada barroca con la imagen de San Miguel arcángel.
La iglesia de San Miguel es uno de esos lugares del pasado en medio de la ciudad que parece mentira que hayan sobrevivido a los envites del progreso.
Presenta una fachada exterior de aspecto sólido y robusto, mientras que en su interior nos encontramos con una decoración sencilla y unas hermosas líneas horizontales.
En el interior, una de las piezas más destacadas es el retablo mayor, en madera policromada, dedicado al titular de la iglesia y realizado por Damián Forment en el primer cuarto del siglo XVI.
Dentro podrás disfrutar de su frescura y tranquilidad, muy alejada de la ruidosa calle.
Durante el siglo XVI, era común que los labradores trabajaran desde las primeras horas de la mañana hasta el anochecer. Justo al lado del río Huerva y de la iglesia de San Miguel de los Navarros se situaba una de las puertas de acceso a la ciudad, en aquellos tiempos amurallada.
Debido a la falta de alumbrado y a la espesa niebla que se formaba por la proximidad del Huerva, muchos de ellos no hallaban el camino de vuelta y tenían que pasar la noche al raso.
El invierno de 1529 fue especialmente frío y húmedo en Zaragoza, apareciendo ahogados varios trabajadores que se perdieron por la noche intentando encontrar el camino a casa.
Debido a estos hechos, el Ayuntamiento de la ciudad (entonces llamado Jurado en Cap) determinó que una de las campanas de la Iglesia de San Miguel de los Navarros tocara cada media hora, desde el crepúsculo hasta medianoche, para que su sonido guiara a los labradores perdidos.
La tradición de la Campana de los Perdidos se mantuvo hasta bien entrado el siglo XX, cuando por causas desconocidas, la campana dejó de tocar.