En 1587 se construyó el primer edificio de la Universidad de Zaragoza en la Plaza de la Magdalena, de planta rectangular y alrededor de un patio central. A través de él se accedía a la capilla de Pedro Cerbuna, a la biblioteca, a las aulas, al ‘Teatro de la Escuela’ o a la casa del bedel.
La construcción de la Universidad supuso el derribo del tramo de muralla romana que ocupaba este solar. Toda la piedra procedente de la demolición se reutilizó en los nuevos edificios tallando los sillares para las piezas de la columnata del claustro.
Briz Martínez describió el derribo de la muralla en la antigua Universidad: ‘…que la fábrica era muy ancha, y espaciosa, las piedras conocidamente fueron trydas de otros edificios assolados; pues vimos sacar columnas enteras, bien labradas, arcos, piedras con epitafios y sepulcros Romanos’.
Los Sitios de Zaragoza dejaron su huella en el inmueble. El general Palafox ordenó la militarización del edificio de la Universidad, así se convirtió en maestranza del arma de ingenieros. Las voladuras de los franceses destruyeron sus dos fachadas principales y el edificio quedó casi en ruinas.
Con la construcción de la Facultad de Medicina y Ciencias en la actual Plaza Basilio Paraíso en 1893, la Universidad de la Plaza de la Magdalena se convirtió en la Universidad Literaria, alojando los estudios de Humanidades.
Se decidió intervenir a mediados del siglo XIX, llevando a cabo la reforma más importante. Por ejemplo, se cambió la distribución de las fachadas del edificio. En un principio la entrada principal se encontraba en el Coso Bajo y después en la plaza de la Magdalena.
Ricardo Magdalena diseñó la última actuación. Caracterizó al edificio de un estilo clasicista, con arcos de medio punto y rematado con motivos vegetales. Magdalena no pudo culminar sus trabajos, así que Luis de la Figuera cogió el relevo. El resultado final, en 1912, fue un complejo de ladrillo con revestimientos de estuco, como marcan las tradiciones aragonesas del Renacimiento y del Mudéjar.
En 1956 se trasladaron los principales fondos de la biblioteca universitaria a la nueva Facultad de Filosofía y Letras del Campus de San Francisco. Eran tiempos de dictadura pero el Heraldo de Aragón ya hablaba de pérdidas importantes de libros, que en el traslado nunca llegaban a la nueva Filosofía y Letras.
En 1968 el Ministerio de Educación aprobó el derribo del edificio de la Universidad de la Magdalena, salvo la Capilla de Cerbuna, sede de la Biblioteca.
Sobre el derribo de la antigua Universidad de la Magdalena, Ramón Salanova escribió en el periódico ABC el 21 de septiembre de 1968 el siguiente texto:
‘Hay que rendirse a la evidencia, no se podía evitar la demolición de un edificio como éste: un caserón inmenso que no admitía reformas satisfactorias y que, al desaparecer, dará paso a modernos y eficaces edificios que albergarán centros y dependencias de Enseñanza Media y Primaria, construidos de acuerdo con las más modernas directrices pedagógicas. Y el futuro gran edificio tendrá desde luego una fachada de estilo mudéjar, que hará juego con la inmediata iglesia de la Magdalena, cuya graciosa torre ha sido devuelta al más brillante momento de su prístino gótico-mudéjar; con lo que la plaza que se abre ante ella puede convertirse en uno de los rincones más evocadores y bellos de Zaragoza’.
En 1973 se hundió la Capilla de Cerbuna, en la que todavía quedaban fondos bibliográficos, que quedaron expuestos a la intemperie, entre las ruinas, y al saqueo, sin que nadie lo impidiera.
En el año 2013 todavía algunas personas de buena fe entregaban ejemplares de aquella biblioteca a las autoridades. Los restos del edificio fueron piqueteados. En el solar se levantó el anodino Instituto Pedro de Luna.
Para recordar lo perdido se pueden observar dos murales que muestran cómo era la universidad en sus primeros años, con la Puerta de Valencia a un lado, y cómo fue en su última etapa. Un recuerdo que pasa desapercibido entre la hiedra de la fachada del instituto que ocupa su lugar y que da a la plaza de la Magdalena.