El barrio de San José debe su nombre al antiguo convento y posteriormente presidio de San José, construido en 1594 junto a la ribera del río Huerva, en el camino hacia el Bajo Aragón.
La Avenida de San José es la arteria principal del barrio. Tiene un trazado en sentido Norte-Sur que sirvió para conectar los arrabales agrícolas con la ciudad así como para conectar con el barrio de Torrero, por lo que la avenida surca todo el barrio desde la antigua carretera del Bajo Aragón, actual Calle de Miguel Servet con el Canal Imperial de Aragón.
La Avenida Tenor Fleta es otra de las arterias importantes del barrio, lo cruza en sentido oeste-este, conectándolo con el centro de la ciudad. Bajo esta avenida circulan las vías del ferrocarril y justo al final de su recorrido se encuentra la estación de cercanías de Miraflores.
La Calle Miguel Servet, es otra de las arterias en la parte norte del barrio y establece la frontera con el barrio de Las Fuentes.
Otra de las grandes avenidas que surcan el barrio es la de Cesáreo Alierta. De construcción más reciente, se ha convertido en uno de los principales accesos y salidas de la ciudad y se extiende hasta el tercer cinturón.